SMP Fullday Al-Muhajirin yang dibuka pada tahun ajaran 2011 - 2012 mengusung konsep full day, dimana interaksi antara siswa, guru dan lingkungan lebih intens dan lama. Dengan konsep full day di mana siswa berada dalam lingkungan sekolah lebih dari 9 jam perhari bisa mendapatkan nilai lebih baik dari materi pembelajaran, kegiatan pengembangan dan pembiasaan keagamaan dan pembinaan akhlak.
SMP Fullday Al-Muhajirin memadukan beberapa kurikulum untuk menunjang proses pembelajaran. Kurikulum nasional sebagai dasar. Kurikulum muatan lokal yang disesuaikan dengan lingkungan. Kurikulum khas kepesantrenan yang merupakan ruh, sehingga siswa SMP Fullday Al-Muhajirin tetap mendapat materi kepesantrenan meskipun tidak mondok.
Terwujudnya peserta didik yang berwawasan keislaman, berkarakter, dan unggul dalam prestasi.
Kelas Tahfizh, Kelas Bahasa Inggris, Kelas ICT, Morning Activities, Pembiasaan Ibadah Harian, Bootcamp, Tahsin Hijroti, Pembelajaran Kitab Kuning, Muhadhoroh, Ekstrakurikuler.